1. 非对号列车乘车票：免收。
2. 无座之对号列车乘车票：免收。
3. 已划座之对号列车乘车票：由每张13元改为按距乘车日天数分阶段收取。
   1. 乘车日当天：按每张车票票价20%收取，并不得低于20元。
   2. 距乘车日2至3日（首日为乘车日当天，下同）：按每张车票票价10%收取，并不得低于20元。
   3. 距乘车日4日至12日：按每张车票20元收取。
   4. 自距乘车日起第13日以上：按每张车票10元收取。
4. 非对号列车车票或未指定车次对号列车车票限当日内尚未剪轧者，得向起程站申请退票；对号入座乘车票，应在当日当次车开行前，向起程站申请退票，逾时申请概不受理。
5. 乘车中遗失乘车票，经补票后再寻获原票，申请退票按乘车日当天退票标准计收。但补价票应经(列)车长签证，并指定于到达站办理退款。
6. 车票票款不足支付退票手续费时，不退还票价，亦不补收手续费。

1. 旅客于本岛海上台风警报发布后至车站办理退票，原预订班次位于本岛海上台风警报发布起至解除海上台风警报止期间，因列车停驶、未及搭乘或无法搭乘原预订车次列车之旅客，可自乘车日起一年内，持未经使用之车票至各车站售票口办理全额退票，免收退票手续费；另若其欲退票之乘车日期尚无法确认是否仍在海上台风警报期间者，仍须先收取退票手续费，俟海上台风警报解除后，旅客可持符合台风天退票规定之退票证明至本公司办理退还退票手续费。
2. 旅客于本岛海上台风警报发布前至车站办理退票或至网路付款系统取消付款，则不论班次是否符合位于本岛海上台风警报期间，皆须收取退票手续费。
3. 旅客于海上台风警报发布期间至局外代售车票之邮局或各超商通路业者退票，仍须扣收退票手续费，请至车站办理退票，方可免扣退票手续费。
4. 已完成网路付款而尚未取票之车次符合台风退票规定，仍请先至网路付款购票系统完成信用卡付款取消，退票手续费由本公司统计批次退款，款项将于次月统一退还至旅客信用卡帐户。
5. 去、回程车票任一程符合台风天退票规定，均可持去回程乘车票至本公司车站办理全额退款

各级对号列车冷气发生故障时，持有冷气故障车厢有座位乘车票之旅客，得于到达站办理退还冷气停止供应区间之冷气费，其退费计算系按「列车冷气故障区间乘车票票价之百分之二十尾数四舍五入后退还旅客」。

旅客购买之对号入座乘车票，上车后如发生重号且列车长已无多馀之预备座可供改划其他座位时，该乘车票经列车长签证后得向到达站办理退还百分之二十票价。

1. 单程票:换票须于乘车区间不变（起讫站相同）不变之原则下，得同时或择一申请车次、日期(限本公司已开放预售日期)、车种（不受理非对​​号列车车票与对号列车车票之间变更）及票种变更，仅提供1​​次免费变更，第2次申请时每张按退票手续费规定收取手续费。
2. 乘车变更申请期限，最迟为当日当次车开车前30分钟办理；不足30分钟者，仅受理旅客退票，直至当日当次车开车为止。
3. 旅客申请乘车日期变更后退票，按原购车票日期计算手续费，但变更后乘车日期较原乘车日提早时，按变更后乘车日期计算手续费。