1. 非對號列車乘車票：免收。
2. 無座之對號列車乘車票：免收。
3. 已劃座之對號列車乘車票：由每張13元改為按距乘車日天數分階段收取。
   1. 乘車日當天：按每張車票票價20%收取，並不得低於20元。
   2. 距乘車日2至3日（首日為乘車日當天，下同）：按每張車票票價10%收取，並不得低於20元。
   3. 距乘車日4日至25日：按每張車票20元收取。
   4. 自距乘車日起第26日以上：按每張車票10元收取。
4. 非對號列車車票或未指定車次對號列車車票，最晚應於乘車日當天向本局各電腦連線售票站辦理退票；對號列車車票，應於列車開車前辦理退票，逾時不予受理。
5. 乘車中遺失乘車票，經補票後再尋獲原票，申請退票按乘車日當天退票標準計收。但補價票應經(列)車長簽證，並指定於到達站辦理退款。
6. 車票票款不足支付退票手續費時，不退還票價，亦不補收手續費。

1. 旅客於本島海上颱風警報發布後至車站辦理退票，原預訂班次位於本島海上颱風警報發布之日起至解除海上颱風警報之日止期間，因列車停駛、未及搭乘或無法搭乘原預訂車次列車之旅客，可自乘車日起一年內，持未經使用之車票至各車站售票口辦理全額退票，免收退票手續費；另若其欲退票之乘車日期尚無法確認是否仍在海上颱風警報期間者，仍須先收取退票手續費，俟海上颱風警報解除後，旅客可持符合颱風天退票規定之退票證明至本局辦理退還退票手續費。
2. 旅客於本島海上颱風警報發布前至車站辦理退票或至網路付款系統取消付款，則不論班次是否符合位於本島海上颱風警報期間，皆須收取退票手續費。
3. 旅客於海上颱風警報發布期間至局外代售車票之郵局或各超商通路業者退票，仍須扣收退票手續費，請至車站辦理退票，方可免扣退票手續費。
4. 已完成網路付款而尚未取票之車次符合颱風退票規定，仍請先至網路付款購票系統完成信用卡付款取消，退票手續費由本局統計批次退款，款項將於次月統一退還至旅客信用卡帳戶。
5. 去、回程車票任一程符合颱風天退票規定，均可持去回程乘車票至本局車站辦理全額退款

各級對號列車冷氣發生故障時，持有冷氣故障車廂有座位乘車票之旅客，得於到達站辦理退還冷氣停止供應區間之冷氣費，其退費計算係按「列車冷氣故障區間乘車票票價之百分之二十尾數四捨五入後退還旅客」。

旅客購買之對號入座乘車票，上車後如發生重號且列車長已無多餘之預備座可供改劃其他座位時，該乘車票經列車長簽證後得向到達站辦理退還百分之二十票價。

1. 旅客持用各級對號列車乘車票申請乘車變更，第一次申請免費，乘車變更內容限變更車次、日期、車種、票種、座位，不受理變更車票所載之起、迄站及方向，亦不受理非對號列車車票與對號列車車票之間變更；非屬前款之免費受理範圍，以及第二次申請乘車變更時，按退票方式處理，並收取退票手續費。
2. 乘車變更申請期限，最遲為當日當次車開車前30分鐘辦理；不足30分鐘者，僅受理旅客退票，直至當日當次車開車為止。
3. 旅客申請乘車日期變更後退票，按原購車票日期計算手續費，但變更後乘車日期較原乘車日提早時，按變更後乘車日期計算手續費。

信用卡刷卡購買車票辦理退(換)票，須憑原購票信用卡辦理。